【种子来源】此是指种子的来源或原因而说的。种子有二类，一者本有种子，二者新熏种子。本有种子，谓阿赖耶识中，本来含藏有有漏无漏一切有为法的种子；新熏种子，谓阿赖耶识中所藏的种非为本来所固有，而是由现行的前七识、随所应而色、心万差之种种熏习，而成为有生果功能的新种子。于此，有护月、难陀、护法三师不同的主张。一、护月论师主张，他以为一切种子，是阿赖耶识的功能作用，本来俱有，并不是由新熏发生；熏习不过能增长养成本来固有的种子，他引以下经论证明：《无尽意经》谓：‘一切有情，无始时来，有种种界，如恶叉聚，法尔而有。’（界是因义，就是种子差别的异名。）《阿毗达磨经》谓︰‘无始时来界，一切法等依。’二、难陀论师主张新熏说，他以为一切种子，都是由现行的熏习而发生的。因为能熏与所熏，都是无始以来具有，所以从无始来就有熏生的种子。他以为，所谓种子者，必藉熏习而发生。再者种子是习气的异名，所谓习气，就是现行所熏习的气分，由之可知种子是由新熏而来。他也引经论来证明︰《多界经》载︰‘诸有情心，染净诸法，所熏习故，无量种子之所积集。’《摄大乘论》载︰‘内种定有熏习，外种或有或无。’三、护法论师主张折衷之说，他以为诸法种子，本有两类，即本有种子和新熏种子。这两类种子，都是无始以来就有的。阿赖耶识中，具有法尔生起一切诸法的差别功能，这就是本有种子，此又名本性住种；同时在无始以来，由现行的势力，留贮在阿赖耶识中而有生果的作用，这就是新熏种子，此又名习所成种。此本新二种，相待而能生起诸法的现行。