(一)位于河北房山县西南云居山(石经山)东峰。又称石峪寺。隋代大业年中,幽州沙门智苑发愿以房山之石造一切经藏,乃凿岩为石室,磨四壁以写经,又取方石刻经书,藏于石室内而密闭之。当时,有炀帝之后助成其业,朝野亦争相喜舍金品,遂得竣工。唐代贞观十三年(639),智苑示寂于该寺,玄导、仪公、暹公、玄法等继其刻经之业。开元年中,金仙公主命人加以修葺,并于五峰之顶各造一白石小塔,赐新旧译经四千余卷及庄园。唐末五代时曾一度中断,至辽时,再兴刻经之业,延续六十余年,完成大藏经之大半。明太祖洪武二十六年(1393)、英宗正统九年(1444)曾两度重修之。如此,由智苑点燃的护法之灯,历经隋、唐、辽、金、元、明六代终于完成。而汉、满、蒙、西藏各族,亦直接、间接参与此项圣业。凡刻经一千余部,经版一万五千余块,分藏于石经山九个石洞及云居寺西南之地穴中,除少数因风化残损外,大部分皆完整。

现存堂塔颇多,寺之西南有以砖筑成之十一层塔,系辽天庆七年(1117)所建,称为压经塔,亦称南塔。塔下埋藏无数石经。寺于抗日战争时毁于炮火,现仅存北塔及其四隅之小石塔。又1987年四月政府宣布在本寺发现装有佛陀舍利的两个金钵,据传,此二钵于隋炀帝时即藏于本寺山洞中。[法苑珠林卷十八、小西天石经堂记、续秘藏石经塔记、古今图书集成职方典第十一]

(二)位于河北涿县城内东北隅。城内有砖塔两座,城北之塔位于本寺,其建造年代无确实记载,然据金正隆五年(1160)云居寺重修释迦佛舍利塔碑记载,此塔建于辽大安八年(1092),而与城南之智度寺塔南北遥峙。北塔呈八角六层之形,一反佛塔之层数多为奇数之惯例。塔以砖砌,斗栱富于变化,造型优美,与南塔同为辽代建筑之代表。

(三)位于江西永修西南十七公里处之云居山上。又称飞白寺、真如寺、龙昌寺。建于唐代元和年间。宋代祥符年中,受敕额“真如禅院”。后废毁,明代万历年间复重建。开山为洞山良价之法嗣道膺,其后历住者有道简、怀岳,佛印了元亦曾居此。[大清一统志卷二四三] p5330